Kontrola je súčasťou realizácie každého projektu, ktorému bola poskytnutá finančná podpora z európskych fondov. Je povinným prvkom počas   trvania realizácie projektu alebo krátko po ukončení projektu, a pred záverečným vyúčtovaním výdavkov projektu. Kontrola sa taktiež môže  konať v období udržateľnosti projektu.

Váš projekt môže byť podrobený nasledovným kontrolám:

  1. Overovanie žiadosti o platbu - každá vami podaná žiadosť o platbu bude overená z formálneho a účtovného hľadiska, dodatočne bude overené, či výdavky uvedené v tejto žiadosti o platbu sú oprávnené
  2. Kontrole na mieste jeho realizácie alebo vo vašom sídle - môže sa vykonávať v priebehu realizácie projektu pri jeho ukončení, alebo po jeho ukončení; kontrole podlieha dokumentácia a vecný rozsah realizovaného projektu; špecifickou formou kontroly na mieste je monitorovacia návšteva, ktorá spočíva v overení, či skutočne realizujete projekt;
  3. Krížová kontrola - bude vykonávaná v situácii, ak realizujete viac ako jeden projekt, alebo ak ste realizovali projekty v rokoch 2007-2013. Bude sa kontrolovať, či v rámci niekoľkých projektov neboli financované tie isté výdavky; tejto kontroly sa nezúčastňujete,  je vykonávaná na základe údajov zhromaždených v informačnom systéme; môžete sa o nej dozvedieť iba vtedy, ak vznikne podozrenie dvojitého financovania a budete požiadaní, aby ste predložili konkrétne dokumenty na verifikáciu.
  4. Kontrola na záver - v rámci tejto kontroly inštitúcia overuje kompletnosť a súlad s postupmi, súlad celej dokumentácie  s realizáciou projektu, ktorú máte povinnosť uchovávať; súčasťou kontroly  môže byť aj kontrolu na mieste realizovaného projektu;
  5. Kontrola udržateľnosti - vedená po ukončení realizácie projektu - kontroluje sa, či sa v projekte nevyskytli neprípustné modifikácie,
  6. Iné kontroly - realizované na základe samostatných predpisov priamo Európskou komisiou, Európskym účtovným dvorom, Predsedom úradu pre verejné obstarávanie, Orgánom auditu alebo Najvyšším kontrolným úradom.

Po ukončení kontroly bude vypracovaná informácia o výsledku kontroly. Ak v priebehu kontroly budú zistené nezrovnalosti, obdržíte pokontrolné odporúčania spolu s termínom pre ich vykonanie.