Žiadosti o poskytnutie finančného príspevku predložené v rámci výziev v Programe Interreg Poľsko-Slovensko podliehajú nasledovným etapám hodnotenia:

Formálne hodnotenie a hodnotenie oprávnenosti projektu sa skladá z úvodného hodnotenia a podrobného hodnotenia. Splnenie všetkých úvodných kritérií podmieňuje postúpenie žiadosti na podrobné hodnotenie. Projekty nespĺňajúce úvodné kritériá budú zamietnuté a nebudú postúpené na podrobné hodnotenie.

Ďalšou etapou hodnotenia je podrobné hodnotenie, ktoré je založené na overení oprávnenosti projektu ako cezhraničného projektu, oprávnenosti partnerov projektu a vecných úloh, správnosti prijatých ukazovateľov, správnosti kalkulácií a oprávnenosti výdavkov a štátnej pomoci (ak sa týka).

Technickému hodnoteniu podlieha každý projekt, ktorý získal pozitívne hodnotenie počas formálneho hodnotenia. Zahŕňa finančné hodnotenie projektu, posúdenie technickej dokumentácie v prípade infraštruktúrnych projektov a projektov z oblasti informačných technológií (IT) ako aj hodnotenie vplyvu projektu na životné prostredie.

Vecné hodnotenie sa skladá z dvoch častí, t. j. strategického hodnotenia a operačného hodnotenia.

Počas strategického hodnotenia sa posudzuje, či je projekt adekvátny k prijatým predpokladom jeho realizácie a rozsahu a potenciálu partnerstva, súladu  projektu s prioritami a cieľmi programu. Je hodnotený aj vplyv produktov projektu na dosiahnutie výsledkov programu a je verifikovaný aj cezhraničný charakter predstavený partnermi. Okrem toho je skúmaný aj súlad projektu s horizontálnymi prioritami, národnými a regionálnymi politikami a strategickými dokumentmi na úrovni EÚ,

Operačné hodnotenie je založené na hodnotení administratívnych a finančných schopností partnerov, kvality, prehľadnosti a efektívnosti riadenia projektov, pravidiel fungovania partnerstva, ako aj jeho udržateľnosti; zohľadňuje sa aj reálnosť rozpočtu, vrátane predpokladaných výdavkov, čo sa týka plánovaných úloh, ďalej logika projektu a taktiež pripravenosť projektu na realizáciu.

Viac informácií sa nachádza v Príručke pre prijímateľa, v prílohe Podrobné kritériá hodnotenia projektov a v Pracovnom poriadku expertov hodnotiacich projekty